グループ通算制度とは？連結納税との違いと中小グループが慎重に判断すべき理由

複数の会社を持つオーナーから「グループで損益を通算できると聞いたが、うちも使えるか」というご相談を受けることがあります。グループ通算制度は黒字と赤字を相殺できる有力な制度ですが、中小企業グループでは適用によって失うものの方が大きいケースが少なくありません。制度の整理と、判断の勘所を解説します。

グループ通算制度の基本と連結納税からの移行

グループ通算制度は2022年4月以後開始事業年度から適用されている制度で、完全支配関係にある企業グループ内の各法人がそれぞれ個別に法人税額を計算・申告しつつ、損益通算などの調整を行う仕組みです。従来の連結納税制度はグループ全体を一つの納税単位として親会社がまとめて申告する形でしたが、修正・更正が生じた場合にグループ全社の再計算が必要になるなど事務負担が重く、廃止されました。既に連結納税の承認を受けていた法人は、原則として自動的にグループ通算制度へ移行しています。適用は選択制で、国税庁長官の承認が必要です。

グループ法人税制との違い

混同されやすいのがグループ法人税制です。こちらは完全支配関係がある法人間で、一定の資産の譲渡損益の繰延べ、寄附金・受取配当の取扱い、中小企業向け特例の判定といったルールが選択の余地なく強制的に適用される制度です。100％親子関係があれば、届出も承認もなく当然に適用されます。一方のグループ通算制度は、承認を受けて初めて適用される選択制度で、その中心が損益通算です。「グループ法人税制はすでに適用されているが、グループ通算制度は使っていない」という状態がごく一般的である、と理解しておくと整理しやすくなります。

中小グループでは損益通算のメリットが消えることがある

ここが最大の実務上の注意点です。資本金1億円以下の中小法人には、法人税の軽減税率、交際費の定額控除、少額減価償却資産の特例、欠損金の全額控除など多数の優遇措置があります。しかし、グループ内に資本金1億円超の大法人が1社でもあると、その他の子会社が中小規模であっても中小企業向け特例の対象から外れます。この場合、黒字と赤字を通算して得られる税額の減少より、軽減税率や交際費特例を失うことによる増加の方が大きくなることがあります。子会社に中小企業が多いグループほど、この逆転が起きやすくなります。さらに、グループ通算制度には連帯納付責任があり、グループ内に納付できない会社があれば他の法人が代わって納付する義務を負います。全法人に電子申告が義務づけられるため、体制整備のコストも見込む必要があります。

適用を検討する前に試算すべき3つの数字

判断は感覚ではなく数字で行うべきです。最低限、次の3つを比較してください。①適用しない場合の各社の税額の合計、②適用した場合の税額（損益通算の効果を反映）、③適用によって失う中小企業向け特例の金額です。②から③を差し引いた結果が①を下回って初めてメリットがあると言えます。あわせて、赤字が一時的なものか構造的なものか、将来的にグループ内の資本構成を変える予定があるか、加入・離脱時の時価評価や欠損金の切捨てが生じないかも確認が必要です。いったん適用すると、やめる際にも手続きと影響が生じます。

グループ通算の前に検討すべき現実的な選択肢

グループ内に黒字会社と赤字会社がある場合でも、グループ通算制度を選ぶ前に検討できる手段があります。第一に、グループ間の取引価格の適正化です。管理部門を持つ親会社が子会社から経営指導料や業務委託料を受け取る、賃貸している不動産の賃料や貸付金の利率を適正な水準に見直すといった調整により、グループ内の所得配分は一定の範囲で変わります。ただし対価に見合う役務提供の実態と算定根拠が必要で、根拠のない金額は寄附金として損金不算入になります。

第二に、組織再編を使う方法です。赤字会社を黒字会社に吸収合併すれば、以後の損益は自動的に一体で計算されます。ただし適格合併に該当するかどうか、繰越欠損金の引継制限に該当しないかの検討が不可欠で、要件を外すと欠損金が使えないばかりか資産の含み損益に課税が生じます。第三に、そもそも赤字が一時的なものか構造的なものかの見極めです。翌期に黒字化する見込みの会社であれば、自社の繰越欠損金で自然に解消されるため、制度適用のコストを負う必要はありません。

あわせて確認しておきたいのがグループ内の役員報酬の配分です。オーナーが複数社の役員を兼務している場合、どの会社からいくら受け取るかによってグループ全体の所得配分は変わります。ただし、実際の職務内容に見合わない報酬は過大役員給与として損金不算入になるため、各社での勤務実態を説明できる範囲に収める必要があります。制度の選択より前に、こうした足元の設計を見直す方が効果が大きい場面は少なくありません。

まとめ

グループ通算制度は完全支配関係にあるグループで損益通算を行う選択制度で、強制適用のグループ法人税制とは別物です。グループ内に大法人が1社でもあると中小企業向け特例を失い、損益通算のメリットを上回る負担増となることがあります。連帯納付責任と電子申告義務も含め、適用前の試算が欠かせません。グループ経営の税務は、税務顧問・税務申告サービスへご相談ください。

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